Emergence of Dengue Virus Serotype 2 Cosmopolitan Genotype, Colombia.

Using Oxford Nanopore technologies and phylogenetic analyses, we sequenced and identified the cosmopolitan genotype of dengue virus serotype 2 isolated from 2 patients in the city of Villavicencio, Meta department, Colombia. This identification suggests the emergence of this genotype in the country, which warrants further surveillance to identify its epidemic potential.

Molecular detection of leptosipira in synanthropic and wild rodents from Villavicencio municipality, Colombia / Detección molecular de leptospiras en roedores del municipio de Villavicencio, Colombia

Introduction: Rodents are potential transmitters of Leptospira spp. In the municipality of Villavicencio, Colombia, leptospirosis is a disease that, although notifiable, is still underreported. In this region, rodent species that can host pathogenic leptospira remain unknown. Objective: To detect the presence of Leptospira spp. through molecular analysis in rodents (Rodentia) from peri-urban and rural areas belonging to the municipality of Villavicencio in Colombia. Methods: Peri-urban and rural areas of the townships belonging to Villavicencio municipality were selected for sampling. These areas presented similar ecological conditions: they were near water bodies and peridomiciliary areas, and some of them included fields of agricultural crops. Rodents´ kidneys were removed and frozen in liquid nitrogen. DNA was extracted using a commercial kit and subsequently amplified through conventional polymerase chain reaction. Results: The rodent species collected were: Rattus rattus, Mus musculus, Zygodontomys brevicauda, Oligoryzomys sp, Hylaeamys (formerly Oryzomys) and Proechimys cf. oconnelli. Leptospira DNA was amplified in six rodents and the purified amplicons were sent to Macrogen Inc. (Seoul, Korea) for sequencing. The alignment analysis of the sequenced products demonstrated 98.64 percent of coverage and identity with Leptospira interrogans. Conclusions: This is the first study carried out on wild and synanthropic rodents in the municipality of Villavicencio. The incidence of leptospirosis raises the alarm due to the important role of these small mammals in the transmission of this zoonosis, which is considered the second cause, after dengue, of undifferentiated febrile illness in Villavicencio(AU)

Introducción: Los roedores son potenciales transmisores de Leptospira spp. En el municipio de Villavicencio, Colombia, la leptospirosis es una enfermedad que, aunque debe notificarse obligatoriamente, sigue subreportada. En esta región, algunas especies de roedores pueden ser reservorios de leptospiras patógenas, situación que se desconoce. Objetivo: Detectar la presencia de Leptospira spp. a través del análisis molecular en roedores (Rodentia) de áreas periurbanas y rurales del municipio de Villavicencio, Colombia. Métodos: Para el trampeo se seleccionaron áreas periurbanas y rurales de las veredas pertenecientes al municipio de Villavicencio. Las áreas escogidas presentaban condiciones ecológicas similares: cerca de cuerpos de agua y áreas peridomiciliarias; algunas de ellas localizadas en campos de cultivos de la agricultura. Se extirparon los riñones de los roedores y se conservaron en nitrógeno líquido. Se extrajo el ADN usando un estuche comercial y posteriormente se amplificó mediante reacción en cadena de la polimerasa convencional. Resultados: Las especies de roedores colectadas fueron: Rattus rattus, Mus musculus, Zygodontomys brevicauda, Oligoryzomys sp., Hylaeamys (ahora Oryzomys) y Proechimys oconnelli. El ADN de leptospira se amplificó en seis roedores y los amplicones purificados se enviaron a Macrogen Inc. (Seoul, Korea) para secuenciación. El análisis de alineamiento de los productos secuenciados demostró un 98,64 por ciento de cobertura e identidad con Leptospira interrogans. Conclusiones: Este es el primer estudio llevado a cabo en roedores silvestres y sinantrópicos en el municipio de Villavicencio. La incidencia de la leptospirosis genera una alarma con respecto a la importancia del papel de esos pequeños mamíferos en la transmisión de esta zoonosis, la cual es la segunda causa de los síndromes febriles indiferenciados en Villavicencio, después del dengue(AU)

Seroprevalencia de la infección por Trypanosoma cruzi y factores asociados en población de Cumaral, Meta, Colombia / Seroprevalence of infection with Trypanosoma cruzi and associated factors in a population of Cumaral, Meta, Colombia

Introducción: La Enfermedad de Chagas es una zoonosis parasitaria causada porTrypanosoma cruzi, un protozoario que se transmite principalmente de manera vectorial al ser humano. Estudios de campo predicen que un tercio de un estimado de 18 millones de personas infectadas en Latinoamérica morirán de Enfermedad de Chagas. Objetivo: El objetivo de este estudio fue determinar la seroprevalencia de la infección por Trypanosoma cruzi y factores asociados en población del municipio de Cumaral, Meta, Colombia. Material y Métodos: Se realizó un estudio descriptivo de tipo transversal, en el cual se recolectaron sueros de toda persona habitante del municipio de Cumaral por más de seis meses y que habitara en área urbana o rural. Se utilizó el método de ELISA de extractos totales (Primera prueba) para la detección de IgG antiTripanosoma cruzy; a los positivos se les realizó prueba confirmatoria por ELISA recombinante; los resultados dudosos fueron enviados al Instituto Nacional de Salud para su confirmación mediante la inmunofluorescencia indirecta. Para el análisis de la información se utilizó el paquete estadístico Prism versión 8.2.1 para MacOS. Resultados: En la tamización de la prueba para Chagas del presente estudio, resultó positivo 2,7 por ciento de los evaluados; al contrastar los sujetos con resultado positivo con los negativos, se observaron diferencias en la edad, la escolaridad y el material de las paredes de sus viviendas. Conclusiones: Los resultados proporcionan información útil de condiciones de vivienda y seroprevalencia de la enfermedad, que ayudan a evaluar la efectividad del acuerdo que facilita y fortalece el acceso al diagnóstico y tratamiento de la enfermedad(AU)

Introduction: Chagas disease is a parasitic zoonosis caused byTrypanosoma cruzi, a vector-born protozoan that is transmitted to humans. Field studies predict that one-third of around 18 millionT cruzi-infected humans will die of Chagas disease in Latin America. Objective: To determine the seroprevalence of the infection with Trypanosoma cruzi and to identify some risk factors associated with this condition in Cumaral, Meta, Colombia. Material and Methods: A descriptive, cross-sectional study was conducted. Blood samples were collected from subjects that had been living in urban and rural areas of Cumaral municipality for more than six months. An ELISA-IgG method with total extracts (first test) was used for the detection of Trypanosoma cruzy IgG. A recombinant-based ELISA was performed as a confirmatory test. Doubtful results were sent to the National Institute for Health for confirmation by indirect immunofluorescence assay. Prism 8 for MacOS (version 8.2.1) was used for statistical analysis. Results: In the screening for Chagas disease, 2,7 percent of all the cases tested were positive. When comparingsubjects with positiveandnegative results, differences between age, scholarship and materials used in the construction of house walls were evidenced. Conclusions: The results provide useful information about housing conditions and seroprevalence of the disease that help to evaluate the effectiveness of the arrangement that provides and strengthens the access to the diagnosis and treatment of the disease(AU)

Dengue:: una causa frecuente de síndrome febril agudo en el Departamento de El Meta, Colombia / Dengue:: a common cause of febrile syndrome in Meta State, Colombia

Introducción. La fiebre epidémica por Dengue es una enfermedad antigua, sin embargo, en los últimos 17 años su actividad ha tenido un aumento dramático en los trópicos a nivel mundial. Este incremento se ha asociado con la expansión geográfica tanto del mosquito vector como del virus, el desarrollo de la hiperendemicidad y la emergencia del Dengue grave. Objetivo. Determinar la frecuencia de Dengue en pacientes con enfermedad febril aguda en el Departamento de El Meta, quienes acudieron al Hospital Departamental de Villavicencio, Colombia. Material y Métodos. Se tomaron muestras de suero en fase aguda y de convalescencia de 100 pacientes febriles, los que acudieron al Hospital Departamental de Villavicencio, durante 2013 y 2014. Se practicaron pruebas para diagnóstico de Dengue (detección de anticuerpos IgM e IgG por ELISA). El análisis estadístico se hizo con el programa SPSS versión 21 para Windows. Para la comparación, se empleó la prueba de Chi Cuadrado. Se definió como significancia cuando la prueba fue <0,05. Resultado. De los 100 pacientes, 51 por ciento fueron mujeres y el promedio de edad de 23,5 ± 15,6 años de edad. Cincuenta por ciento de ellos fueron estudiantes y 51 por ciento tuvieron alguna forma de Dengue, principalmente secundario (44 por ciento). Conclusiones. El Dengue es una infección frecuente en el Departamento de El Meta, Colombia, con una alta frecuencia de individuos expuestos, quienes constituyen un riesgo para Dengue grave debido a infección secundaria(AU)

Introduction:Epidemic Dengue fever is an ancient disease, however in the past 17 years, activity has a dramatic resurgence of Dengue in the tropics areas worldwide. This increased of epidemic activity, has been associated with the geographical expansion of both, the mosquito vectors and the viruses, the development of hyper-endemicity, and the emergence of Dengue hemorrhagic fever. Objective: The goal of this study was to determine the frequency of Dengue infection in patients with acute febrile syndrome in Meta Administrative District, Colombia. That ask for a medical advice at the Departmental hospital of Villavicencio. Material and methods: Blood serum were collected from 100 febrile patients in of acute and convalescent stages from the rural and urban zones that arrive for medical advice to the Departmental hospital of Villavicencio during 2013 and 2014. Serologic tests for Dengue (IgM and IgG by ELISA) were performed. Statistical analyses were performed using SPSS 21.0 for Windows (SPSS Inc., USA). The chi-square test was used to make a comparison. Variables that were statistically significant (p<0.05) were kept in the final model. Results: From a total of 100 persons surveyed, (51 percent) were women, and average age was 23,5 ± 15,6 years, 50 percent was students and 51 percenthad some type of Dengue, mainly secondary infections (44 percent). Conclusions:Dengue is a frequent infection in Meta Administrative District, Colombia, with a high frequency of exposed population with secondary infection which is a risk factor for severe forms of the disease(AU)

Infecciones por Staphylococcus aureus resistente a la meticilina adquirido en la comunidad en pacientes de Villavicencio, Colombia / Community-acquired methicillin resistant Staphylococcus aureus infections in Villavicencio, Colombia

Introducción: los Staphylococcus aureus son patógenos muy versátiles, con capacidad de causar un gran rango de enfermedades en los humanos. Sin embargo, el papel que juegan sus factores de virulencia en el desarrollo de las infecciones no se ha entendido completamente. Algunos tipos clonales están muy bien equipados para causar enfermedad en todas las personas, mientras que otros causan enfermedad solo a algunos miembros de una comunidad. Objetivo: determinar la prevalencia de infecciones por Staphylococcus aureus resistente a meticilina adquiridas en la comunidad en pacientes de la ciudad de Villavicencio, Colombia. Métodos: estudio descriptivo, prospectivo de corte transversal, en 46 muestras obtenidas de absceso, secreción, sangre, orina, líquido pericárdico, líquido pleural, aspirado traqueal, forúnculo. Los individuos participantes no estuvieron hospitalizados en los últimos meses, ni recibieron tratamiento antimicrobiano y no presentaron signos y/o síntomas clínicos. Los aislamientos fueron identificados por pruebas convencionales microbiológicas y se determinó la susceptibilidad antimicrobiana para los diferentes antibióticos a través de MicroScan™ Pos Combo Panel Type pc 24 (Dade Behring, USA). Se detectaron los genes nuc, mecA y LukS-PV relacionados con la identificación y virulencia de esta especie. Resultados: de las 46 muestras analizadas, el 100 por ciento resultaron positivas para S. aureus, de éstas 46 (100 %) fueron resistentes a meticilina y 44 (95,6 por ciento) presentaron el gen para la LPV. Conclusiones: en Colombia y específicamente en Villavicencio poco se conoce de la epidemiologia del SARM- AC. Deben realizarse estudios de vigilancia epidemiológica y tipificación molecular que nos acerquen a entender más el comportamiento de su epidemiologia y así mismo diseñar mejores estrategias de prevención y control(AU)

Introduction: staphylococcus aureus is a very versatile pathogen, with a capacity to cause a great range of conditions in humans. However, the role played by its virulence factors in the development of infection is not thoroughly understood. Some clonal types are very well equipped to cause disease in all persons, whereas others only affect some members of a community. Objective: determine the prevalence of community-acquired methicillin resistant Staphylococcus aureus infections in patients from the city of Villavicencio in Colombia. Methods: a descriptive cross-sectional prospective study was conducted of 46 samples obtained from abscesses, secretions, blood, urine, pericardial fluid, pleural fluid, tracheal aspirates and boils. Participants had not been hospitalized in recent months nor had they received any antimicrobial treatment, and they did not present any clinical signs and/or symptoms. The isolates were identified by means of conventional microbiological tests. Antimicrobial susceptibility to the various antibiotics was determined using MicroScan™ Pos Combo Panel Type pc 24 (Dade Behring, USA). The genes nuc, mecA and LukS-PV were detected. These are related to the identification and virulence of the study species. Results: of the 46 samples analyzed, 46 (100 percent) were positive for S. aureus, 46 (100 percent) were resistant to methicillin and 44 (95.6 percent) contained the LPV gene. Conclusions: in Colombia and specifically in Villavicencio, little is known about the epidemiology of CA-MRSA. Epidemiological screening and molecular typing studies should be conducted to gain insight into the epidemiology of CA-MRSA and design better prevention and control strategies(AU)